Freeman entre comme employé au Centre de recherche de Black Mesa, le 5 mai 2000. Il est assigné au département des Matériaux anormaux, où il effectue des recherches sur le nucléaire et la physique des particules. Au début du jeu, Gordon Freeman participe à une expérience qui tourne à la catastrophe. Le Centre de Black Mesa est envahi par des formes de vie « extérieures » à notre dimension qui commencent à éliminer le personnel du complexe. Le jeu vidéo connaît six versions différentes.

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